. . . . . . . . . . . . . . . .
C2(T3) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
PCR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
|> FR 2
|> CDR 2 |> FR 3
195 210 225 240
255 270
B1V GGTAATACGTACCTG CACTGGTACCAACAG AAACCTGGAGAAGCT CCCAAACTCCTGATC
TATAGGGCAAGTACC CTTGAGTCTGGGATC
E4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
C2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
. . . . . ---- ---C-----------
PCR . . . . . . . . . . . . . . . . . .------------ -----------A---
---TAT----T--AG ---C-------N---
285 300 315 330
345 360
B1 CCAACTCGTTTCAGT GGCAGTGGATCTGGG ACTGACTTCACTCTG ACCATCAGTGGAGTC
CAGGCTGAAGATGAA GGAGATTACTACTGT
C2 --------C----C- --------------- --------------- ---------------
--------------- --------T------
PCR --------------- ------------TT- --------------- ---------------
-------------C- ---------------
|> CDR 3 |> J сегмент
|> С сегмент
375 390 405 420
435 450
B1 GTCAGTGTACACTAC TCCAGCAGTAGATAT GTGTTGACTTTCGGG CCCGGGACCAAACTA
ATTGTGAAATCTGGA AGCCCCACTGCTCCT
C2 CAG---TC------- C----------C-G- -NCC-C--------A --A--------G--G
G-------------- -A-------------
PCR CAG---CAC---ACT C---ATG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
465 480 495 510
525 540
B1 TCCTCCGTCTCCCTG CTTCCTCCCTCCAAG CTGGAGCTCGACTCA AAGGGTAAAGCCACC
CTGGTCTGCCTGGTG AATAATTTCTACCCT
C2 --------------- --------------- ------------A-- -----C---------
TG------------- --------------C
C2(T3) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -C---------
T-------------- --------------C
555 570 585 600
615 630
B1 GATGTCGTGGATATC AAGTGGACGGTGGAC GGGGTGGCCCAGTCG TCTGGTGTGCTGACC
AGCACAATGAAGCAG AAGGATGGGAAATAC
C2 --------------- --------------T ----C---------- ---------------
--------------- -----C---------
C2(T3) --------------- --------------T ----C---------- ---------------
645 660 675 690
705 720
B1 AGTGCAAGCAGCAGC CTGACCCTCACCAAG GCCGTGTGGAACAGC AAGGAGACATACACC
TGCACTGTGAAGCAC GAGGCTGTGAGCACT
C2 --------------- --------------- -A------------- ---------------
--------------- ---------------
C2(T3) --------------- --------------- -A------------- ---------------
|> 3'
нетранслируемая область
735 750 765 780
792
B1 CCCAGGAGCGAGTCC ATCAAGAGGAGCGAG TGCACACTATTAGAT GCCtaaAGG . . .
. . . . . .
C2 --G----------T- --------------- --------------- ---taaG-CAAGAGA
ATCCGTGTGATT
C2(T3) --G----------T- --------------- --------------- . . . . . . . .
Рис. 11. Нуклеотидная последовательность полноразмерной кДНК клона В1
и частичная последовательность кДНК клонов Е4 и С2 и продукта ПЦР.
Последовательность кДНК клона С2 определялась с использование праймеров V1,
V2, C1 (обозначение С2) и Т3 (обозначение С2(Т3)). Прочерк означает
идентичность в этой позиции с кДНК клона В1, FR - каркасные участки, CDR -
гипервариабельные участки V области.
A
AruIgLBV
QYTVTQTPAEKSVLPGDTVALNCKVNSAVLGNTYLHWYQQKPGEAPKLLIY*RASTLESGIPTRFSGSG**SGTDF
TLTISGVQAEDEGDYYCVSV
IpuIgLVG -V-------V--A---E--TI--RT-P-Y*-H*-----------------K*F-NQ-H----
A------**--S----------T--A-----Q-Y 71%
OmyIgLV1 -I------EM-AFQT--A-T-R-RF-KPSPPC**VA-------G--Q----*Y-T--Q--T-
S------**--S-------------A-----Q-Y 63%
XIaIgLVR -VVL--S-DYV--S--E--TIT--AS-SS---**-------S-QT------*GT-NRYT-T-
E------**----------RME---AA----QQY 58%
Rabbit kV IV ivm----ss---pv----ti--qasqs-ys-nr-a-f-----qp------*k----a--v-
s--k---**---q------d--ca-aat---rva 57%
GciIgLVIII -M--S-PVL--GL-Q--TIT-TASQS-YS-**-A----RE-QK-S----*A-
TNRYTEVSE------**---S-----RN--P--VA----QGT 48%
HulV2 -SAL--*-ASV-GS--QSITIS-TGT-SSYNL**VS----H--K----M--*EG-KRP--
VSN-----K**--NTAS--T--L-----A----C-Y 47%
HfrIgLVII GTVL--*--SM-TSQ-K--KIT-TISGGGTYY**SS--W----S--VFVWRDYD--RG----
D--T--RNT-SNVMH---TD--SR-TA-----AW 41%
XlaIgLIII -VSI--*-VSE--KL-E--RIS-TLSG-SGYH**VN-----A-NR-RY-
LRFYSDSNK**HQD-----KDSPNNIGY---K-ALL--DA----ATW 35%
HfrIgLV1 VPVLN---ISDP-SA-E-SE-K-AMQNGGSYY**MS--R-R-----VFVL**YQ--SG-
IYRD--KP-RDT-SNSHI---GSLEPG-SAV---AAN 31%
Б
AruIgLCB
GSPTAPSSVSLLPPSKLELDSKGKATLVCLVNNFYPDVVDIKWTVDGVAQSSG*VLTSTMKQK**DGKYSASSSLT
LTKAVWNSKETYTCTVKHEAVSTPRSESIKRSECTLLDA
CplIgLCII -RS*PT--V----SDQITA-NM-------SG-V-GAAE-E-----SVRGN-*-E--RIQ-
EA*-NTF-V--Y---SASD---H-L-S-V-K-ETQAN-LQT--S--S-M 44%
HfrIgLCIII EKSQPTLT-M---PE-VKA--T------ADH----E-GVE-KK--A-I-A-*-Q--
NYLRAS*-ST--C--L---SGSD-E-NARFS-ALT-ETL-S-L-K-VS----V 42%
IpuIgLCF G--VKP-----L--S-Q-S*E-S-S-L--LPAYS-QGALVS-----SEVKD-*----AEER-
**TDG-TR--T---S--L-EKG-EFV-K-S-DN-DH-VT**FRK-Q-EV 41%
Hu kappa TV-AP-VFIF---*D-QLKS-T-SV---L-----REAKVQ-K--NAL--GN*SQE-VTE-
DSK-ST--L--T---S--DYEKHKV-A-E-T-QGL-S-VTK-FN-G-- 39%
XlaIgLC3 GDVK--*---YF---*V-EIATK---V--SLSD-T-RGATVK-L---KD-TDS*-QS-
GLSKQS*-NL-ME--Y-S--ADQ-LRH---S-K-S-Q**GKEIIQTL-----V 38%
Hu lambda1 Q-K-NPT-T-F---*S-ELQAN-------ISD---GA-TVA-KA--SPVKA-*-E-
TKPSKQS*NN--A---Y-S--PEQ-K-HRS-S-Q-T-E**GSTVEKTVAPT--S 37%
HfrIgLCI SEDRKP-VL-----*S-EIDS-W---S---SR-K-GF-RVL-R--DKETD--*-T-G-
VSTDS*-QS--L--YLRVPATA--KGSS---S-D-GSL-S-LLKT-SSTA-SD 37%
XlaIgLCS ND-KPA-FIFK--*D-QVKE-NP-A---I---F-RDLTVT-K--SQDV--SD-K--DFM-
ES*-ST--Q--M-T---DK-DKADKFE-L-K-K**TAQLTQSFSK-Q-S 34%
IpuIgLCG LTQP--TV----SV--Q*QE-V-----AYKGF-SDWRLS-K---SSW---*ESR-
SAVLQA*--L--W--T-S-HPEQ-RN-*VV--EASKDN*QP-VVSTVNTEQ- 33%
Рис. 12. Сравнение аминокислотных последовательностей V (А) и С (Б)
областей L-цепи ИГ стерляди с последовательностями других видов
позвоночных. Дефис обозначает идентичность в данной позиции. Звездочка
обозначает делецию аминокислотных остатков. Слева указаны проценты
сходства. Видовые обозначения: Aru - стерлядь, Ipu - пещерный сомик, Omy -
радужная форель, Xla - шпорцевая лагушка, Gci - акула-нянька, Hu - человек,
Cpl - песчаная акула, Hfr - разнозубая акула.
Рис. 13. Саузерн блот гибридизация. Геномная ДНК была выделена из
печени и обработана эндонуклеазами рестрикции Pst I Pvu II. Гибридизацию
проводили в мягких условиях с использованием зондов, гомологичных VL (а) и
CL (б) генным сегментам L-цепей ИГ стерляди. С V-зондом гибридизовалось
более 20 фрагментов ДНК, в то время как с С-зондом гибридизовалось только 3-
4 фрагмента.
ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
В результате проведенной работы идентифицирован локус генов,
кодирующих L-цепи ИГ стерляди, представителя подкласса костно-хрящевых рыб.
Сравнительный анализ структуры V генов этого локуса указывает, что он
относится к каппа типу. Результаты сравнительного анализа С областей менее
информативны, что само по себе не удивительно, так как С-гены L-цепей ИГ
значительно менее консервативны чем V-гены. Тем не менее, тот факт, что на
нуклеотидном уровне С-ген стерляди имеет наибольшее сходство с каппа-
подобными генами III класса хрящевых рыб, также свидетельствует о том, что
обнаруженный локус относится к каппа типу.
кДНК клонов В1, С2, Е4, а также фрагмент, полученный с помощью ПЦР,
содержат близкородственные V-гены. Различия между ними сконцентрированы в
основном в области 3-го гипервариабельного района. Последовательности двух
обнаруженных J-сегментов отличаются по 10 нуклеотидам, т.е., они
представляют собой различные геномные сегменты. Незначительные различия
Страницы: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8
